Bedeutende Künstler des österreichischen Barock schufen mit der Stiftskirche ein Gesamtkunstwerk voll staunenswerter Harmonie. Domenico Antonio Carlone schmückte das Kircheninnere mit seiner ruhigen Farbgebung und mit herrlichen Stuckpilastern. Einen Höhepunkt der barocken Kirchenmalerei in Oberösterreich stellen die Fresken des Bartolomeo Altomonte im Presbyterium dar. Das von Andreas Ferdinand Lindermayr angefertigte Abschlussgitter gilt als eine der schönsten Schmiedearbeiten Österreichs. Kunstsinn und Gläubigkeit haben unser Gotteshaus so herrlich erstehen lassen.

Nördlich der Kirche im sogenannten "Dechantstöckel" befindet sich die Schatzkammer des ehemaligen Stiftes Spital. In ihr wurden Urkunden, Paramente und liturgische Geräte aufbewahrt. Nunmehr sind in der Schatzkammer besonders wertvolle Plastiken, Messgewänder und auch historisch bedeutende Dokumente, das Stift und die beiden Kirchen betreffend, zu besichtigen.

Die Gruft unter dem Presbyterium der Stiftskirche war Begräbnisstätte der Chorherren von Spital am Pyhrn. Vom 25. Jänner bis 15. Mai 1945 war hier der gesamte Goldschatz der Ungarischen Nationalbank (33.000 kg) eingelagert. 1992 wurde die Gruft restauriert.